Der barrierefreie Umbau des Bahnhofs Donnersbergerbrücke und die Bauarbeiten im Stammstreckentunnel verursachen in diesem Jahr bis Weihnachten Einschränkungen im S-Bahnverkehr auf der Stammstrecke. Je nachdem welche Gleise gesperrt werden müssen, unterscheidet die Bahn drei Bauphasen an Wochenenden und werktäglich Nachtbauarbeiten mit jeweils unterschiedlichen Fahrplänen.
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Ausgenommen von Verkehrseinschränkungen ist die Zeit um das Oktoberfest. Für dreieinhalb Wochen ruhen die Bauarbeiten. In allen Bauphasen einheitlich heißt es für die Fahrgäste, auf dem Weg in die oder aus der Innenstadt (z.B. Marienplatz oder Stachus) umzusteigen. Von Westen kommend fahren die meisten Linien planmäßig nur bis Pasing oder über die Fernbahngleise zum Hauptbahnhof. Sie halten dann aber nicht an den Stationen der Stammstrecke. Los geht es am Montag, 22. Juli, mit Nachtbauarbeiten. Jeweils von 22.15 Uhr bis zum nächsten Morgen um 4.45 Uhr stehen in dieser Nacht sowie werktags in 55 weiteren Nächten bis zum 20. Dezember an der Donnersbergerbrücke nur zwei von vier Gleisen zur Verfügung.
Zwischen Pasing und Ostbahnhof fahren alle 20 Minuten Pendel-S-Bahnen, die an allen Stationen der Stammstrecke, auch an der Donnersbergerbrücke, halten. Zwischen Hackerbrücke und Ostbahnhof besteht sogar ein 10 Minuten-Takt. Außerdem können die Fahrgäste zwischen Pasing und Hauptbahnhof bzw. zwischen Hauptbahnhof und Ostbahnhof die Regionalzüge benutzen. Zum Erreichen der Innenstadt stehen auch die U-Bahnen und Trams der MVG zur Verfügung, die z.B. an den Umsteigestationen Giesing, Heimeranplatz oder Moosach erreicht werden.
Die größten Verkehrseinschränkungen gibt es in der Bauphase 1 an den vier ersten Ferienwochenenden im August (2. bis 26. August). Dann ist jeweils von freitags 22.15 Uhr bis montags 4.45 Uhr die komplette S-Bahn-Stammstrecke zwischen Laim und Ostbahnhof gesperrt. Zwischen diesen beiden Stationen fahren Busse des Schienenersatzverkehrs. Samstags von 9 bis 21 Uhr fährt der Schienenersatz-verkehr im 5-Minuten-Takt, sonntags und an den Tagesrandlagen alle 10 Minuten und in der Nacht alle 15 Minuten. Neben den Bussen können die Fahrgäste auch Regionalzüge nehmen oder die U-Bahnlinie U5, die in dieser Bauphase auf Bestellung der S-Bahn München häufiger und mit zusätzlichen Wagen fährt.
In der Bauphase 2 an den drei anschließenden Ferienwochenenden sind nur noch die Gleise zwischen Laim und Hackerbrücke gesperrt. Dieser Abschnitt auf der Stammstrecke wird durch Schienenersatzverkehr abgedeckt.
Zwischen Hackerbrücke und Ostbahnhof pendeln S-Bahnzüge im 15-Minuten-Takt. Wegen der Zugwenden an der Hackerbrücke sind für einen stabilen Takt nicht mehr S-Bahnfahrten möglich.