Noch bis Montag, 17. September, etwa 5 Uhr, bestehen auf der S-Bahn-Stammstrecke Einschränkungen. Zwischen Pasing und Hackerbrücke ist wegen des Einschubs des Arnulfstegs an der Donnersbergerbrücke und Arbeiten für den Bau der zweiten Stammstrecke kein S-Bahn-Verkehr möglich.
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In diesem Bereich fahren ersatzweise Busse. Durch den Tunnel verkehrt im 20-Minuten-Takt als einzige Linie die S6. Sie beginnt und endet an der Hackerbrücke.
Im Westen fahren die S-Bahnlinien S1 und S2 im 30-Minuten-Takt ohne Halt an den Stammstreckenstationen zum Hauptbahnhof. Auf der Strecke Altomünster-Dachau fahren die S-Bahnen im Stundentakt. Die Linien S3 und S4 beginnen und enden in Pasing. Die S6 West beginnt und endet am Hauptbahnhof ohne Halt an den Stammstreckenstationen. Die Linie S7 fährt im 30-Minuten-Takt und ohne Halt am Harras bis zum Heimeranplatz. Die Linie S8 fährt ab Pasing über den Südring ohne Halt bis zum Ostbahnhof und weiter ohne Halt am Leuchtenbergring bis zum Flughafen. Das gleiche gilt für die Gegenrichtung.
Von Osten her kommend beginnen und enden ansonsten alle Linien am Ostbahnhof. Ausnahme ist die S6, die als einzige Linie durch den Stammstreckentunnel fährt.
Die S6 fährt als einzige Linie
durch den Tunnel
Im gesperrten Abschnitt zwischen Pasing und Hackerbrücke setzt die S-Bahn Ersatzbusse ein. Sie fahren tagsüber im 10- und in den Nachtstunden im 15-Minuten-Takt und halten an den bekannten Stationen für den Schienenersatzverkehr. Die komplette Fahrzeit der Busse beträgt zwischen Pasing und Hackerbrücke knapp 20 Minuten.
Der Hauptbahnhof kann aus dem Umland auch mit den Regionalzügen erreicht werden. In München selbst sind U-Bahnen sowie die Tram- und Buslinien Alternativen zum Vorwärtskommen.
Nach dem Oktoberfest stehen weitere Baumaßnahmen im Bereich der Stammstrecke an. Neben dem Instandhaltungskorridor (19. bis 22. Oktober) mit Totalsperrung zwischen Pasing und Ostbahnhof müssen wegen Arbeiten für die zweite Stammstrecke sowie des Austausches wichtiger Weichen im Bereich Laim auch an den Wochenenden 12. bis 15. Oktober sowie 26. bis 29. Oktober Teilsperrungen der Stammstrecke eingerichtet werden.