Wegen Bauarbeiten für die 2. Stammstrecke kommt es von Gründonnerstag (6. April, 22.30 Uhr) durchgehend bis Dienstag (11. April, 4.40 Uhr) zu umfangreichen Fahrplanänderungen auf fast allen S-Bahn-Linien. Zwischen Pasing und Hauptbahnhof besteht nur ein Schienenersatzverkehr (SEV).

Die S1 fährt nur ab / bis Hauptbahnhof. Zwischen Moosach und Hauptbahnhof fahren die Züge im Halbstundentakt und ohne Zwischenhalt.
Die S2 West fährt im Halbstundentakt und nur ab / bis Hauptbahnhof. Die Halte zwischen Obermenzing und Hauptbahnhof entfallen.
Die S2 Ost fährt nur ab / bis Hackerbrücke (Nacht 9. / 10. April ab / bis Leuchtenbergring).
Die S3 entfällt zwischen Pasing und Donnersbergerbrücke. In der Nacht 9. / 10. April entfällt die S3 zwischen Pasing und Ostbahnhof.
Die S4 fährt nur zwischen Geltendorf und Pasing und entfällt auf dem restlichen Linienabschnitt.
Die S6 entfällt zwischen Pasing und Ostbahnhof.
Die S7 fährt weitgehend regulär. In der Nacht 9. / 10. April entfällt die S7 zwischen Hauptbahnhof und Giesing und die Züge halten nicht an den Stationen Heimeranplatz, Donnerbergerbrücke und Hackerbrücke.
Die S8 entfällt zwischen Pasing und Donnersbergerbrücke.

Zwischen Pasing und Hauptbahnhof bietet die S-Bahn einen Schienenersatzverkehr an. Die Busse fahren alle 10 Minuten, in den späten Nachtstunden alle 20 Minuten. An einigen Stationen hat sich die Lage der SEV-Haltestellen geändert.
Zwischen Pasing und Hauptbahnhof können Fahrgäste alternativ den Regionalverkehr nutzen, auch hier kommt es bei einigen Verbindungen zu Fahrplanänderungen.