In einer Atmosphäre allgemeiner gesellschaftlicher und bildungspolitischer Aufbruchstimmung in der Bundesrepublik der späten 1960er-Jahre wurden die Universitäten der Bundeswehr gegründet. Auch in den Streitkräften dachte man über eine Reform der Ausbildung eingehend nach. Das von Wolff Graf von Baudissin entworfene Leitbild des mündigen Bürgers in Uniform, der für sich und andere verantwortungsbewusst denkt und handelt, war nur durch die Vermittlung eines hohen Bildungs- und Reflexionsniveaus unter den zukünftigen Soldaten umzusetzen. Zudem sah sich die Bundeswehr mit einem zunehmenden Mangel an qualifizierten jungen Männern, die sich als länger dienende Zeitoffiziere verpflichteten, konfrontiert. Die Berufsausbildung zum Offizier musste neu konzipiert werden. Die Lösung dieser Probleme lag in der Integration eines vollwertigen Hochschulstudiums in die Offiziersausbildung, wie es eine 1970 unter Leitung von Prof. Dr. Thomas Ellwein eingesetzte Bildungskommission vorgeschlagen hatte. Um die militärischen und akademischen Erfordernisse optimal zu vereinen, entschloss sich die sozialliberale Koalition unter Kanzler Helmut Schmidt, das wissenschaftliche Studium der Offiziersanwärter an eigenen Hochschulen der Bundeswehr durchzuführen. Damit war die Entscheidung für die Gründung der Universitäten der Bundeswehr gefallen, die im Mai 1972 im Bundestag besiegelt wurde. Von Anfang an war keine militärspezifische Ausbildung der studierenden Offiziere intendiert, sondern ein inhaltlich und in seinen Abschlüssen den Landesuniversitäten vergleichbares vollwertiges Studium. Lehre und Forschung sind daher seit den Gründungstagen an den Universitäten der Bundeswehr frei. In weniger als eineinhalb Jahren konnte der akademische Lehrbetrieb in Hamburg und München am 1. Oktober 1973 aufgenommen werden. 1980 erhielt die Hochschule in München das Promotions- und Habilitationsrecht vom bayerischen Kultusministerium und wurde am 29. September 1981 endgültig staatlich anerkannt, seit 1985 darf sie offiziell den Titel »Universität« führen.
Die hervorragende wirtschaftliche Situation während der Aufbauphase ermöglichte eine komfortable Ausstattung mit Bibliothek, Lehrmitteln und Labors, von der die Universität noch heute profitiert.
Die Vermittlung eines über die Grenzen des Fachstudiums hinausgehenden methodischen Wissens, insbesondere für die Studierenden der überwiegend technischen Fächer, war ein weiteres Ziel. Wie visionär sich die Reformüberlegungen von damals erwiesen, macht ein Blick auf den grundlegenden weltpolitischen Paradigmenwandel seit Ende der 1980er-Jahre sowie den gewandelten Auftrag für die in internationalen Einsätzen der Bundeswehr aktiven Soldaten deutlich. Ein weiterer Meilenstein für die Bundeswehr Universität in Neubiberg war die Zulassung von weiblichen Offiziersanwärtern zum Studium, die 2001 erfolgte. Die Universität der Bundeswehr München verfügt über sieben universitäre Fakultäten. Das Fächerspektrum ist vorrangig technik­wissenschaftlich geprägt. Die Universität verfügt neben diesem Schwerpunkt über einen voll ausgebildeten gesellschafts- und wirtschafts­wissenschaftlichen Bereich. Dies ermöglicht eine interdisziplinäre Ausrichtung der Studiengänge. Etwa 200 Professoren stehen rund 3.500 Studierenden zur Seite. Studiert wird in Trimestern, somit kann das Studium schneller als an den herkömmlichen Universitäten abgeschlossen werden.