Hohenlinden hat im Verlauf ihrer Geschichte gute und schlechte Zeiten, Kriege und Frieden erlebt. Das bedeutendste geschichtliche Ereignis war die Schlacht, die am 3. Dezember 1800 zwischen den Franzosen, unter Befehl des Generals Moreau, sowie der verbündeten bayerischen und österreichischen Truppen, unter Befehl des Erzherzogs Johann während der Napoleonischen Kriege ausgetragen wurde. Die Kaiserlichen hatten zwei Tage zuvor den Gegner bei Ampfing zurückgeschlagen. Weil sie bei ihrem Vordringen nur in kleinere Gefechte verwickelt wurden, vermuteten sie, die Franzosen seien auf dem Rückzug. Ein tödlicher Fehler. Denn die Hauptmacht der napoleonischen Truppen war bereits bei Hohenlinden in Stellung gegangen. Gegen 5 Uhr früh brachen die bayerisch-österreichischen Verbände auf. Im Schneesturm blieben jedoch zwei Kolonnen unter Baillet-Latour und Feldmarschall Ries weit zurück. So zog die Hauptkolonne ohne Flankensicherung weit auseinandergezogen durch das enge Waldtal Richtung Westen und stieß bei Birkach auf den Gegner. Die Franzosen hatten in der Zwischenzeit auf Seitenwegen über Ebersberg, Steinhöring und St. Christoph unter General Richepance die verbündeten Truppen umgangen und griffen von Maitenbeth und von Süden her an.
Die Kaiserlichen waren endgültig in eine tödliche Falle ohne Ausweg geraten. General Wrede eilte mit seinen Truppen zwar zu Hilfe, wurde aber von der französischen Infanterie unter schweren Verlusten zurückgeschlagen und entkam selbst nur knapp. Die Wagen blieben im Sumpf stecken, die Geschütze fielen aus und die Soldaten zogen sich in regelloser Flucht zurück.
Die Kaiserlichen verloren bei dem Gemetzel 12.000 Mann, davon 7.000 Gefangene. Daran erinnert auch eine steinerne Gedenktafel am Geschäftshaus Hauptstraße 7 in Hohenlinden. Vom Fund von Gebeinen, Kanonenkugeln oder Waffen, Überreste dieser Schlacht, die Napoleon den Weg nach Wien öffnete, wird von den Nachfahren berichtet. In dieser Situation unterzeichnete Kaiser Franz II. am 25. Dezember 1800 den Waffenstillstand von Steyr, dem am 9. Februar 1801 der Friede von Lunéville folgte. Dieser beendete den Krieg der zweiten Koalition gegen Frankreich und bestätigte den Frieden von Campo Formio von 1797. Frankreich erhielt daraufhin die seit 1795 besetzten linksrheinischen Gebiete.
Im Sommer 2000 veranstaltete der Verein „Hohenlinden 2000“ zum Gedenken an die „Schlacht von Hohenlinden“ das Freilichttheater „Knechte der Schlacht“ und als Rahmenprogramm fand ein Lagerleben „anno 1800“ statt. Ebenso wurde in der Grundschule Hohenlinden ein Museum eingerichtet. Am 3. Dezember 2000 fand die offizielle Gedenkfeier mit vielen Gästen, u.a. auch aus Frankreich, Italien und Österreich, statt. Zur Erinnerung an die „Schlacht von Hohenlinden am 3. Dezember 1800“ hat der Verein „Hohenlinden 2000“ bereits im Dezember 1998 in der Nähe der Grundschule, am Weg nach Kronacker, ein Denkmal aufgestellt. 2009 konnte im Museum ein Diorama, welches die Schlacht im Zentrum von Hohenlinden mit 3.500 Zinnsoldaten darstellt, eingeweiht werden. Durch eine individualisierte Lichtführung ist dieses Diorama einzigartig im süddeutschen Raum.
Des weiteren erinnert ein eindrucksvoller Rad- und Wanderweg auf den Spuren der „Schlacht von Hohenlinden“ an den einzelnen Punkten wie zum Beispiel Kanonenkugel an der Kronacker Kirche, Obelisk in Mittbach (General Moreau Straße), Franzosenquelle im Großhaager Forst an diese blutige Schlacht vor nun fast 220 Jahren.