Im Zug der 2. Stammstrecke will die Bahn die Abzweigstelle Westkreuz ausbauen. Einige Vorabmaßnahmen sind seit Februar im Gang. Die Bahn erwartet für dieses Jahr den Planrechtsbeschluss für die Gesamtausbaumaßnahme Westkreuz / Bodenseestraße.
Am Westkreuz soll ein Kreuzungsbauwerk im Gleisdreieck errichtet werden. Dadurch können die S-Bahn-Strecken nach Herrsching und Tutzing höhenfrei zusammengeführt werden. Die beiden Eisenbahnüberführungen über die Bodenseestraße sollen erneuert und eine zusätzliche Überführung neu gebaut werden. In diesem Zusammenhang wird die Landeshauptstadt die Bodenseestraße in geänderter Lage erneuern.
Die Bahn sieht in dem Umbau große Vorteile: Züge auf den beiden zusammenlaufenden Strecken könnten künftig ohne gegenseitige Behinderung ein- und ausfädeln. Auf S6 und S8 wären Expresslinien möglich. Der gesamte Betriebsablauf würde verbessert und die Bahn könnte bei Störungen flexibler reagieren.
Die Bauzeit beträgt voraussichtlich dreieinhalb Jahre. Kann der Bau wie geplant Anfang 2024 starten, könnte das „neue Westkreuz” im Juni 2027 in Betrieb genommen werden. Die Kosten für diesen Umbau sind in den Gesamtkosten für die 2. Stammstrecke München bereits enthalten.